Förklarat: B.1.617-variant och Covid-19-ökningen i Indien

Genomsekvenseringsdata har presenterat bevis för den 'dubbla mutanten' i 61% av proverna i Maharashtra. Men huruvida denna nya variant driver Indiens pågående uppgång kan sägas först efter att mer data finns tillgänglig.

Sjukvårdspersonal förbereder sängar i Shehnai Banquet Hall i New Delhi, som har omvandlats till en tillfällig avdelning för Covid-9-patienter. (Expressfoto: Amit Mehra)

Under ett möte med distriktslaboratorier i Maharashtra förra veckan delade National Institute of Virology (NIV) begränsade data som visar en uppdelning av 361 genomsekvenserade prover som samlats in mellan januari och mars i år.

Rubrikfyndet från analysen : närvaron av en dubbelmutation upptäcktes i 220 — nästan 61 procent — av proverna. Denna dubbelvariant klassades förra veckan som B.1.617-varianten.

Nyhetsbrev| Klicka för att få dagens bästa förklaringar i din inkorg

Vad är B.1.617?

B.1.617-varianten av SARS-CoV-2 bär på två mutationer, E484Q och L452R. Båda finns separat i många andra varianter av coronavirus, men de har rapporterats tillsammans för första gången i Indien.

De två mutationerna finns i virusets spikeprotein. Spikeproteinet hjälper viruset att binda sig till den mänskliga cellens receptorer och ta sig in i en värdcell.

E484Q-mutationen liknar E484K, en mutation som finns i varianter av coronaviruset i Storbritannien (linje B.1.1.7) och Sydafrika (B.1.351).

L452R-mutationen har hittats i snabbspridande varianter i Kalifornien (B.1.427 och B.1.429). Det kan öka bindningsförmågan hos spikproteiner med ACE2-receptorer på mänskliga celler, vilket gör det mer överförbart. L452R kan också potentiellt förbättra viral replikation.

Tillsammans är E484Q och L452R mer smittsamma och kan undvika antikroppar.

Var har B.1.617 hittats?

Det finns begränsad data. Det rapporterades först från Maharashtra. I januari sekvenserades 19 prover från olika distrikt och B.1.617 hittades i fyra. I februari sekvenserades 234 prover från 18 distrikt och 151 prover - från minst 16 distrikt - hade denna variant. Och i mars hade hela 65 av 94 prover det.

Hittills har distrikten Amravati, Nagpur, Akola, Wardha, Pune, Thane, Aurangabad och Chandrapur presenterat starka bevis på närvaron av B.1.617. Färre prover sekvenserades i andra distrikt, och varianten hittades i vissa. Sekvensering väntar för fler prover.

GÅ MED NU :Express Explained Telegram Channel

Är denna variant mer virulent?

Det finns inga bevis än så länge. De flesta patienter klarar sig med hemisolering, även om klinisk erfarenhet måste kombineras med genomsekvenseringsdata för att generera vetenskapliga bevis. Kliniska anekdoter från läkare tyder på att varianten sprider sig snabbare, är mer smittsam, kan infektera hela familjer, men är mindre virulent och orsakar inte dramatiskt fler sjukhusinläggningar.

De flesta patienter är asymtomatiska och det är en bra indikation. Men i absoluta tal har så många fall lagt en börda på hälsoinfrastrukturen, säger Dr Shashank Joshi, expert på Maharashtra Covid Task Force.

Hur mycket har det spridit sig?

Dr Sujeet Singh, chef för National Center for Disease Control (NCDC) har påpekat att väldigt få prover från Maharashtra har sekvenserats hittills, och det är för tidigt att dra definitiva slutsatser om hur utbredd den dubbla mutanten är. Emellertid hade centralregeringen rapporterat i mars att 15-20 procent prover i Maharashtra hade denna variant; på basis av de senaste sekvensdata vet vi att denna siffra nu är över 60 procent.

Kliniker och distriktsadministratörer i Maharashtra rapporterar att till skillnad från den första vågen, smittas hela familjer i den andra vågen. Detta kan tyda antingen på att fysiska distanserings- och isoleringsåtgärder är otillräckliga i hushållet, eller att viruset har blivit mer överförbart.

josh peck nettovärde 2015

Kan B.1.617 driva på den pågående ökningen i fall av Covid-19?

Dr Gangandeep Kang, professor i mikrobiologi vid Christian Medical College, Vellore, sa att 60,9 procent av prover som bär denna variant med största sannolikhet visade en koppling mellan mutationen och ökningen - dock för ett korrekt svar åtminstone 1 procent av Covid-19-proverna måste sekvenseras varje vecka. Med Indien för närvarande testar över 1 lakh fall dagligen, och detta skulle översättas till ungefär 1 000 genomsekvenser varje dag.

Vi måste också titta på hur många människor en person kan infektera och RT-PCR-cykeltröskeln. Vi måste göra livespårning. Data från januari har lite värde i april, sa Dr Kang.

Dr Gautam Menon, professor vid Ashoka University, Sonepat, och vid Institute of Mathematical Sciences, Chennai, sa: Det vi har är suggestivt men vi behöver mer genomsekvenseringsdata för att förstå vilken variant som driver antalet nya infektioner i olika stater... För att antyda att ökningen av fall beror på denna dubbelmutanta variant borde vi ha fler tidpunkter. Om vi ​​till exempel kunde säga att vi upptäckte 30 procent av denna variant i prover den 30 mars, och sedan 40 procent i prover den 14 april, skulle det tyda på att den nya varianten dominerar spridningen av sjukdomen.

Dr Menon underströk också behovet av större datatransparens. Det är möjligt, även om det blir allt mer osannolikt, att fallen också kan kopplas till den tidigare stammen, sa han. Såvida vi inte vet i vilken utsträckning ökningen kan hänföras till den nya varianten, kommer vi inte att kunna avgöra slutgiltigt om avslappningar i Covid-anpassat beteende med den äldre stammen drivit på ökningarna eller om den ökade smittsamheten av den nya varianten är orsaken.

Prof Vinod Scaria, huvudforskare, CSIR -IGIB, höll med om att vi inte kan säga att dessa varianter driver ökningen i den andra vågen. Men bevis tyder på att åtminstone i vissa stater är B.1.1617-linjen dominerande och kan bidra till ökningen av fall, sa han. Denna härstamning definieras av 15 genetiska varianter inklusive sex spikeproteinvarianter. Två av dessa (E484Q och L452R) är involverade i immunflykt samt ökad smittsamhet, sa prof Scaria.

Kan varianten undvika vacciner?

Återigen är uppgifterna begränsade. Vissa människor har verkligen blivit infekterade efter den första dosen, men det finns inga uppgifter om huruvida deras prover skickades för genomsekvensering.

Vi vet att den sydafrikanska varianten är mer kapabel att undkomma immunsvar. Vi vet att den brittiska varianten är den mest överförbara. Men vi vet ingenting om B.1.617 än så länge, eftersom vi inte sammanställer data för att dra slutsatser, sa Dr Kang.

Dr Menon underströk att även om vacciner inte förväntas förhindra infektion, förhindrar de verkligen allvarlig sjukdom och död. Vi förväntar oss att detta kommer att förbli sant även med den nya varianten. Den enda lösningen på medellång till lång sikt för att hantera Covid-19 är att människor ska vaccineras.

Dela Med Dina Vänner: