Förklarat: Hur testet för coronaviruset (COVID-19) fungerar

Hur ser PCR-testet ut för viruset i pinnprover? Hur lång tid tar det? Hur många prover testar Indien dagligen, och kan det testa fler? Om det kan, varför har det inte skalat upp ännu?

Indien genomför för närvarande en tvåstegs realtids-PCR för att testa för SARS-COV-2. (Reuters)

Vilket är det diagnostiska testet för det nya coronaviruset som orsakar COVID-19?

De Indian Council of Medical Research (ICMR) har sagt utsedda labb kommer att använda det konventionella realtidspolymeraskedjereaktionstestet (PCR), som utförs på en pinne som tagits från baksidan av halsen, ett vätskeprov från de nedre luftvägarna eller ett enkelt salivprov. Sådana tester används ofta vid upptäckt av influensa A, influensa B och H1N1.

Vad är PCR-testet?

Den använder en teknik som skapar kopior av ett DNA-segment. 'Polymeras' hänvisar till enzymerna som gör kopiorna av DNA. 'Kedjereaktionen' är hur DNA-fragmenten kopieras exponentiellt - ett kopieras till två, de två kopieras till fyra, och så vidare. Kary Mullis, den amerikanske biokemisten som uppfann PCR-tekniken, tilldelades Nobelpriset i kemi 1993.

Men SARS-COV-2 är ett virus gjord av RNA, som måste omvandlas till DNA. För detta inkluderar tekniken en process som kallas omvänd transkription. Ett 'omvänt transkriptas'-enzym omvandlar RNA:t till DNA. Kopior av DNA görs sedan och amplifieras. Ett fluorescerande DNA-bindande färgämne som kallas sonden visar närvaron av viruset. Testet skiljer också SARS-COV-2 från andra virus.

Hur lång tid tar PCR-processen?

Realtids-PCR har minskat tiden det tar att testa prover till 4,5 timmar från cirka 6 timmar tidigare, sa ICMR-forskaren Dr RR Gangakhedkar. Men den totala handläggningstiden - från det att proverna samlas in tills rapporten levereras - är cirka 24 timmar och borde vara mindre, sa han.

Förklarat: Fem steg för att upptäcka coronaviruset

Hur går testet till i Indien?

Indien genomför för närvarande en tvåstegs realtids-PCR för att testa för SARS-COV-2, säger NIMHANS Senior Professor och Head of Neurovirology, Dr V Ravi. Det första steget är utformat för att upptäcka genetiska element som är gemensamma för mänskliga coronavirus som kan finnas i provet. Det andra steget är utformat för att testa för specifika gener som endast finns i SARS-COV-2-viruset.

Fram till början av mars initial screening test för att kontrollera för någon typ av coronavirus gjordes av alla laboratorier, men den bekräftande PCR gjordes endast av National Institute of Virology i Pune. Sedan överförde NIV Pune tekniken (reagens som krävs för bekräftelsen) till alla laboratorier så att det inte skulle behövas ett prov för att gå hela vägen till Pune. Detta har minskat den tid det tar att testa proverna, sade Dr Ravi.

Coronavirustestning: Falskt blod ses i provrör märkta med coronaviruset ( COVID-19 ) i denna illustration tagen 17 mars 2020. (Reuters Illustration: Dado RuvicO

Testar Indien tillräckligt många siffror?

Indien har kapacitet att testa 10 000 prover dagligen och testar för närvarande cirka 600-700. Som jämförelse, Sydkorea, som har en liknande handläggningstid, testar enligt uppgift upp till 20 000 prover om dagen, särskilt med hjälp av modeller som dess genomkörningstestanläggningar.

Regeringen hävdar att det i detta skede inte är nödvändigt att testa varje person. Landet testar kohorten som det behöver testa för nu, sade Dr Gangakhedkar. Om du går med lokaliserad överföring så testar vi tillräckligt. Om du tror att det finns gemenskapsbaserad överföring är det en annan fråga. Det finns fortfarande inga bevis där vi inte vet hur indexfallet har fått denna infektion, sa han.

Emma Bunton ålder

Express Explained finns nu på Telegram. Klick här för att gå med i vår kanal (@ieexplained) och håll dig uppdaterad med det senaste

Vi vill inte göra några urskillningslösa tester för nu ber alla om ett test. Så någonstans måste vi rationalisera det... men det är också viktigt att hålla utkik så att vi inte missar samhällsöverföring, sa ICMR-forskaren Dr Nivedita Gupta under en pressträff förra veckan.

DC vs Marvel Box Office

Vad blir strategin om gemenskapsöverföring sker?

ICMR genomför en övervakning av eventuella bevis på överföring i samhället, där vart och ett av Indiens 52 testlabb testar 20 slumpmässiga prover av patienter med allvarlig akut luftvägsinfektion (SARI). Det 'första snittet' av dessa tester förväntas vara ute på onsdag. ICMR har sagt att i händelse av att ett fall av gemenskapsöverföring avslöjas från dessa övervakningstester, kommer regeringens strategier att vara helt annorlunda.

Coronavirus-pandemi: På ett sjukhus i New Delhi. (PTI foto/fil)

Finns det hinder för att skala upp tester?

Kostnaden är en potentiell barriär, känner vissa experter. ICMR-tjänstemän sa på en konferens att kostnaden för ett primärt test för covid-19 är 1 500 Rs. Om ett andra test ska göras för att bekräfta resultatet av det första testet är den totala kostnaden runt 5 000 Rs. En av tjänstemännen hade också sagt att de använda sonderna, som är importerade från Tyskland, är en begränsande faktor.

Samtidigt som antalet testcenter har ökat, har importen av sonder också ökat. Förra veckan ville Indien importera omkring 200 000 sonder, medan Dr Gangakhedkar i måndags sa att regeringen planerar att importera omkring en miljon.

Coronavirus-pandemi: När ska man testa och vem

Kan Indien göra saker annorlunda?

Vad Indien hade börjat göra är exakt vad som rekommenderades för ett land där sjukdomen importerades, enligt Translational Health Science and Technology Institute Indiens verkställande direktör, Dr Gagandeep Kang. Men att testa och följa upp de som kommer in i landet, och att sätta dem de har kommit i kontakt med under övervakning, är ett rationellt och lämpligt tillvägagångssätt om den enda risken var att importera sjukdomen, och uppföljning och testning var 100 %, Hon sa.

Men vad som kan hända är att med den här infektionen kan du bli av med symtomen redan innan du utvecklar symtom, och hos väldigt få kanske du aldrig har symtom, så du kan överföra det till andra människor utan att veta att du är smittad, sa hon. Den här typen av komplexitet ... gör det nödvändigt att tänka på att ha en backupstrategi för att se om du faktiskt har missat något, sa hon. Det finns mer vi skulle kunna göra.

Kommer ICMR-övervakningen att hjälpa?

ICMR:s beslut är ett bra steg, men det finns regioner som en sådan övning då skulle utelämna, sa Dr Kang. Om du testar prover varje vecka från varje influensalaboratorium, om du hittar en positiv, kommer det att berätta för dig att du har missat mycket, sa hon.

Enligt Dr Kang är det möjligt att använda matematisk modellering för att förstå vad som skulle ge regeringen en rimlig chans att identifiera om det redan finns någon gemenskapsöverföring. Jag tror att det skulle vara bra att ha den typ av modell som Singapore har, där alla läkare var som helst som hade en klinisk misstanke, även om det inte passade beskrivningen, fick skicka sin patient för ett test, tillade hon.

– Inspel av Kaunains sheriff M

Dela Med Dina Vänner: